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L' University of Zakho a été annoncée comme une université indépendante en juillet 2010. Avant cette date, il y avait deux collèges, à savoir l'éducation et le commerce qui étaient affiliés à l'Université de Duhok. L'UOZ ainsi que trois autres nouvelles universités ont été fondées à la suite de la résolution faite par le Parlement du gouvernement régional du Kurdistan pour répondre à la demande accrue d'études de l'enseignement supérieur dans la région.
Une fois l'université nominée, les collèges d'éducation et de commerce ont été réorganisés en deux facultés, à savoir la Faculté des sciences et la Faculté des sciences humaines. La Faculté des sciences est composée de six départements, notamment la biologie, la chimie, la physique, les sciences informatiques, les sciences de l'environnement et les mathématiques. Un nouveau département des sciences de l'environnement fonctionnera au début de la prochaine année académique en septembre 2011.
La Faculté des sciences humaines comprend également six départements, à savoir les langues kurdes, arabes et anglaises, l'histoire, les études islamiques et le Département de commerce et de banque. Au début de la prochaine année académique, un nouveau département, l'origine des religions, sera également exploité.